ميكروارگانيسم هاي موجود در لوله گوارش شامل باكتريها و پرتوزواها (آميب ها و
تاژكداران) مي باشد . چون اين موجودات در طبيعت همه جا يافت مي شوند و شرايط
آنها در هر يك از بخشهاي لوله گوارش ( pH) رشد و تكامل حرارت، رطوبت و
بسيار مناسب است، لذا در بدن حيوان همواره جمعيتي بي شمار، متنوع و همه جانبه از
ميكروارگانيسم ها يافت مي شوند . به همين جهت مي توان پيش معده (شكمبه )
نشخوار كنندگان را به عنوان يك اطاقك تخميري منظم تلقي كرد . فرايند دي ميكروبي
كه در پيش معده جريان دارد، براي هضم غذا بخصوص هضم فيبر خام (سلولز ) حائز
اهميت است.
شكمبه: فعاليت ميكروارگانيسم ها در شكمبه نشخوار كنندگان براي هضم آن قدر حائز
اهميت است كه جا دارد در اين جا به برخي از اين فعل و انفعالات اشاره گردد . تعداد
ميكروارگانيسم ها در شكمبه فوق العاده زياد است، به طوري كه در هر ميلي لي تر شيره
شكمبه تعداد آنها به 10 ميليارد مي رسد، كه البته تعداد باكتريهاي چسبيده به غذا
محاسبه نشده است كه در آن صورت تعداد بيشتر است . وزن باكتريهاي موجود در تمام
شكمبه 3 تا 7 كيلوگرم است كه تقريباً 5 تا 10 درصد محتويات شكمبه را شامل مي
شود.